答：根据国家税务总局关于印发《营业税税目注释（试行稿）》的通知（国税发[1993]149号）第八条第一款规定：（一）转让土地使用权，是指土地使用者转让土地使用权的行为。
土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。
根据《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）规定：纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。
因此，将土地归还给代行政府职能的市土地储备交易中心所收到的款项，不纳营业税。
（注：上述答案仅供参考，具体事宜请向您的主管税务机关咨询。）
———————————————— 政策依据 ————————————————
国家税务总局关于印发《营业税税目注释（试行稿）》的通知第八条第一款（国税发[1993]149号）
《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）
