这个问题应该是很多纳税人存在的疑惑。其实，这个问题本身就是一个错误的问题，是将会计收入、所得税收入和增值税销售额三个概念混同了，因此产生了这个本不该是问题的问题。
1、会计收入
《企业会计准则第14号——收入》（财会[2017]22号）第二条对企业收入定义如下：
“收入，是指企业在日常活动中形成的、会导致所有者权益增加的、与所有者投入资本无关的经济利益的总流入。
分公司属于总公司的一个分支机构，不具备独立法人资格。总、分公司之间的商品交易，并不能给公司所有者带来权益的增加及经济利益的总流入，因此会计处理上不能确认为收入。
也就是说，总、分公司之间的交易，在会计处理上不确认为收入。
2、企业所得税收入
分公司作为非法人主体，不属于企业所得税纳税主体，其相应的收入、支出必须合并到总公司进行汇总计算。至于汇总后根据相应的指标将应纳所得税在总、分机构之间的分配，只是为了平衡不同地区之间的财政收入。
《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函[2008]875号）第一条规定：除企业所得税法及实施条例另有规定外，企业销售收入的确认，必须遵循权责发生制原则和实质重于形式原则。
（一）企业销售商品同时满足下列条件的，应确认收入的实现：
1.商品销售合同已经签订，企业已将商品所有权相关的主要风险和报酬转移给购货方；
2.企业对已售出的商品既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，也没有实施有效控制；
总、分公司作为同一法人主体，彼此之间的商品调拨，并没有改变商品所有权的归属，没有失去对商品所有权的继续管理权和有效控制，因此不应确认为企业所得税收入。
3、增值税销售额
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条以及《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36号)附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第四十六条“增值税纳税地点”的规定：
（一）固定业户应当向其机构所在地或者居住地主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
根据以上规定，除通过审批，允许总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税增值税的纳税人外，其他纳税人必须在机构所在地申报缴纳增值税，因此，总、分公司之间的商品调拨，如果跨越了县（区）就属于增值税应税行为，总、分公司应按规定分别确认增值税销售额。
既然总、分公司之间的商品调拨在会计和税务处理上出现了三种不同的口径，纳税人在实际业务中应如何进行核算及涉税处理？
1、增值税处理
除通过审批，允许总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税的纳税人（即增值税汇总缴纳企业）外，其他纳税人需就地单独申报缴纳增值税。总、分公司之间的商品调拨，应该开具增值税发票，确认增值税应税销售额；
增值税汇总缴纳企业，总、分公司之间的商品调拨，不开具增值税发票，而应开具调拨单。在平时会计核算时，总、分机构不以调拨单进行收入确认，但每月在计算总、分公司的应分摊增值税税额时，其调拨行为确认为调出机构的增值税销售额。
2、会计处理
根据上文分析，总、分公司之间的商品调拨，会计处理不确认收入，但又确认为增值税销售额，因此，应根据开具的发票作如下会计处理：
2.1、商品调出方的会计处理
借：其他应收款
贷：库存商品
应交税费 应交增值税（销项税额）
2.2、商品调入方的会计处理
借：库存商品
应交税费 应交增值税（进项税额）
贷：其他应付款
3、企业所得税处理
因总、分公司在商品调拨时，双方既未确认会计收入，也未确认所得税收入，因此纳税人汇总申报企业所得税时，无需进行彼此之间的交易的抵销。
延伸解析：
很多纳税人在总、分公司之间发生交易时，并未按文中所解析的不确认会计收入及企业所得税应税收入，而是依据开具的增值税发票一并确认会计收入、企业所得税应税收入及增值税应税收入。
纳税人一旦出现以上不规范的会计处理，在企业所得税汇总申报时，就必须调整相应的交易收入及对应的成本金额。否则，就会虚增业务招待费、广告及业务宣传费的计提基数。
