答：耕地占用税及土地使用税应分别按以下规定进行处理：
1、耕地占用税：
《中华人民共和国耕地占用税暂行条例实施细则》（财政部、国家税务总局令2008年第49号）第三十一条规定，经批准占用耕地的，耕地占用税纳税义务发生时间为纳税人收到土地管理部门办理占用农用地手续通知的当天。
根据上述规定，耕地占用税纳税义务发生时间应从纳税人收到土地管理部门通知办理占用农用地手续通知的当天。
2、土地使用税：
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第483号）第九条规定，新征用的土地，依照下列规定缴纳土地使用税：
（一）征用的耕地，自批准征用之日起满1年时开始缴纳土地使用税；
（二）征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。
《财政部、国家税务总局关于房产税、城镇土地使用税有关政策的通知》（财税[2006]186号）规定，以出让或转让方式有偿取得土地使用权的，应由受让方从合同约定交付土地时间的次月起缴纳城镇土地使用税；合同未约定交付土地时间的，由受让方从合同签订的次月起缴纳城镇土地使用税。
综上所述，企业如果是属于征用的耕地，应于土地管理部门通知办理占用农用地手续通知的当天缴纳耕地占用税，而土地使用税应按上述规定自批准征用之日起满1年时开始缴纳土地使用税，两者不会同时出现在一个年度内。
（注：上述答案仅供参考，具体事宜请向您的主管税务机关咨询。）
———————————————— 政策依据 ————————————————
《中华人民共和国耕地占用税暂行条例实施细则》第三十一条（财政部、国家税务总局令2008年第49号）
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第九条（中华人民共和国国务院令第483号）
《财政部、国家税务总局关于房产税、城镇土地使用税有关政策的通知》（财税[2006]186号）
