《财政部、国家税务总局关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2013〕70号）明确除国税发〔2008〕116号文明示的企业可加计扣除的费用支出外，研发人员的五险一金、药品的临床试验费等也可纳入税前加计扣除的研究开发费用范围。新增加了部分研发费用加计扣除范围，研发费用加计扣除范围扩大，实际上减免了企业所得税。
企业研究开发费用税前加计扣除范围在扩大的同时，也存在着一定的税务风险，且税务风险出现的概率也随之增加。研发费用加计扣除的税务风险，主要体现在不符合研发费用加计扣除税收政策，未按规定备案等情形，纳税人不得享受税收优惠，企业的研究开发费用不得税前加计扣除。因此，纳税人在充分享受研发费用加计扣除税收优惠的同时，对其可能发生的税务风险应予必要的重视，防范不得加计扣除的税务风险。
一、擅自扩大研究开发费用扣除范围
并非所有研发费用就可以税前扣除， 企业在申请研发费用加计扣除时一定注意把握好可以加计扣除的研发费用范围，以防止因随意扩大研发费用范围或者对研发费用掌握不准确可能带来的税收风险。《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》的通知（国税发（2008）116号）第八条规定，行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。从近六年的实践来看，研发费用的加计扣除一直是企业涉税实务中的难点，不易把握。在日常涉税处理实务中往往还会出现一些无法正确判断是否可以加计扣除的开发费用，企业须谨慎对待。企业发生的费用支出属于列举的十三项费用范围的，才可以作为研究开发费用加计扣除，其他情形的研发费用不得加计扣除。
二、奖励补助收入未有冲减研发费用
不征税收入财政性资金用于研发的，不得计入研究开发费用加计扣除。技术开发费中如果包括财政拨款，由于财政拨款属于不征税收入，其相应的支出也不得扣除，也不得作为技术开发费加计扣除的计算基数。
《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕116号）附件规定，从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款应冲减研发费用后再计算加计扣除额。因此，企业的研发项目取得来自科技局、政府及相关管理部门的奖励补助款，应根据相关性原则，就所取得与研发项目（包括以前年度）有关的奖励补助款项冲减研发费用后计算加计扣除额。另外，要说明的是奖励补助款应按收付实现制的原则冲减。
法律、行政法规和财政部、国家税务总局规定不允许在企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。作为不征税收入处理的财政性资金用于研发的部分，需要从当期加计扣除的基数中减掉。例如北京市国税局在2012年汇算清缴问题解答中明确，如果财政拨款专项用于研发，作为不征税收入处理，不作为研发费用加计扣除的基数，如果作为应税收入处理，则可作为研发费用加计扣除的基数。
三、研究开发费用支出划分不清、核算不实
（一）企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
（二） 企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
（三） 企业研究开发费各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
四、未按规定税务备案或审批
有的纳税人认为，只要是发生符合条件的研发费用，都应当允许加计扣除，税务备案并不重要，这种观点给企业带来了一些不必要的涉税风险。企业研发费用加计扣除，凡符合政策要求，并在规定时限内报送相关备案资料正确无误的均可实行所得税减免税备案，享受减免税税收优惠。
（一）国家制定的各项税收优惠政策，凡未明确为审批事项的，均实行备案管理。
（二）纳税人享受税收优惠前，应按规定进行资格备案或审批。除不需审批、备案的外，未按规定备案或审批的不得享受税收优惠。
（三）纳税人未依法履行减免税审批手续，不仅会失去国家规定的减免税优惠政策的条件，而且还有可能受到查处。
（四）没有纳入税务机关的管理范围，不仅享受不到国家规定的税收优惠政策。而且还要追究法律责任受到处罚。
五、研发费用形成无形资产未作收益化资本化税务处理
如果企业未按规定将应资本化的研发费用计入无形资产成本，将会使应分期加计摊销的无形资产成本作为当期费用加计扣除，势必造成当年应纳税所得额减少并少缴企业所得税，形成涉税风险。根据国税发〔2008〕116号文件的规定，企业根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理的，可按下述规定计算加计扣除：
1、研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。
2、研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。
3、实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报时，再依照规定计算加计扣除。
六、用干研究开发材料的增值税进项税额未作转出处理
从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用可以税前扣除并可以加计扣除。对于研发费用消耗的材料、燃料和动力费用的进项税额是否可以抵扣，应根据企业实际情况，具体情况具体分析，企业进行的研发开发，常常涉及的项目不只一个，如某高新技术企业所得税汇算清缴，研发的项目有五项，有硬件开发，也有软件开发，根据配比原则，研发出来的产品如果适用增值税，其领用的材料进项税额可以抵扣。如果公司主要所从事的行业为非增值税征税领域，则这些公司发生的研发活动相关进项税金，即使取得了增值税发票，也不可以抵扣进项税。研发出来的产品如果适用营业税，其领用的材料进项税额则不应该抵扣。
