增值税暂行条例及实施细则规定，非正常损失的购进货物的进项税额不得从销项税额中抵扣。所谓非正常损失是指生产经营过程中正常损耗以外的损失，包括自然灾害损失，因管理不善而造成的货物盗窃、发生霉烂变质等损失和其他的非正常损失。虽然税法规定非正常损失存货进项税额不能抵扣，然而会计上对于存货非正常损失的不同的账务处理却可以对增值税产生不同的影响。
下面通过举例来说明不同的账务处理对于存货非正常损失增值税税务筹划的影响。
甲公司属增值税一般纳税人，销售货物使用17%的增值税税率。2006年甲公司购入一批生产用原材料，该批原材料不含税价格为100万元，取得的增值税专用发票注明的增值税额为17万元。后来该批原材料由于管理不善变质导致无法使用，甲企业对其进行清理后作价出售，取得变价收入10万元，假设甲企业的会计处理如下：
第一种会计处理方法：
（1）转入清理时
借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 1170000
贷：原材料 1000000
应交税费——应交增值税（进项税额转出） 170000
（2）取得变价收入时
借：银行存款 100000
贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 85470
应交税费——应交增值税（销项税额） 14530
（3）结转清理损益
借：营业外支出 1084530
贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 1084530
分析：按照上述会计处理方法甲企业在进行账务处理时将该批原材料全部转入清理，这就意味着该批原材料全部发生损失，因此与该批原材料有关的进项税额也应全部转出，不得抵扣。同时企业在将原材料清理出售时取得的变价收入还应按17%的税率计算应交纳的增值税。
然而事实上，企业在将原材料变价时取得收入10万元，我们可以认为该批原材料并不是全部发生损失。由此可以看出不得抵扣的进项税额应该是发生非正常损失部分的进项税额，应该将这部分对应的进项税额转出，而对于取得的清理收入部分则可以认为未发生损失，在税法上对此也未作明确的规定，只要企业在进行账务处理时不将其作为非正常损失处理，就无须将该部分的进项税额转出。
第二种会计处理方法
（1）转入清理时
企业实际发生的存货非正常损失金额=1000000－100000/（1＋17%）=914530（元）
存货非正常损失应转出的进项税额=914530×17%=155470（元）
企业实际发生损失时，按扣除取得的变价收入后的金额转入待处理财产损溢。
借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢 1070000
贷：原材料 914530
应交税费——应交增值税（进项税额转出） 155470
(2)取得变价收入时,将取得的变价收入确认为“其他业务收入”，同时结转该部分原材料的成本计入“其他业务支出”。
借：银行存款 100000
贷：其他业务收入 85470
应交税费——应交增值税（销项税额） 14530
借：其他业务成本 85470
贷：原材料 85470
（假设本例中原材料按成本价出售）
分析：相比第一种会计处理方法，少缴增值税14530万元。
