适用免征增值税纳税人，须向主管税务机关提出申请。主管税务机关批准后，对纳税人的增值税直接免予征收。
适用即征即退一定比例增值税纳税人，须向主管税务机关提出申请。主管税务机关批准后，纳税人先按税法规定缴纳应缴税款，税务机关即时按照规定比例退还给纳税人，时间较短，退税机关为税务机关。
适用先征后退增值税纳税人，须向所在的地市级或者县市级财政机关提出申请，经财政部驻所在地的财政监察专员办事处批准后，税务机关正常将增值税征收入库，然后由财政机关按税收政策规定审核并退还企业所缴入库的增值税。程序严格，时间较长，退税机关为财政机关。
