回复：《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第一条规定，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
此处的规定合同所载商品房面积与实际测量面积不一致，是针对土地增值税清算前发生的。土地增值税达到清算条件时，房地产开发项目已竣工验收，相关的建筑面积等都已实际确定。在进行土地增值税清算时，相关的补、退房款可进行调整。
