答：根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）规定，企业发生的职工福利费，应当单独设置账册，进行准确核算。没有单独设置账册准确核算的，税务机关应当责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可以对企业发生的职工福利费进行合理的核定。
因此，税务机关要求贵公司单独设置账册核算发生的职工福利费是合理的。
（注：上述答案仅供参考，具体事宜请向您的主管税务机关咨询。）
———————————————— 政策依据 ————————————————
《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）
