从上海市的先期试点情况看，“营改增”后的税务师事务所在经营中将面临四大涉税难题：
难题一：“代理记账”未纳入咨询服务范畴
鉴证咨询服务虽然被列为“营改增”10项应税服务之一，但目前上海市还没有将“代理记账”财税类服务纳入试点范畴，因此代理记账收入还是按照现行营业税政策缴税，这对税务师事务所的经营发展很不利。
“代理记账”属于涉税服务的常规项目，上海市的很多税务师事务所会向客户提供代理记账服务。因此，“代理记账”未被纳入咨询服务范畴，不符合税务咨询服务的实际情况。一是人为地增加了税务师事务所使用发票的难度——税务咨询业务属于增值税征收范围，事务所需要向客户开具增值税发票，而“代理记账”服务属于营业税征收范围，事务所又需要向客户开具营业税发票。二是不利于税务师事务所的财务核算，因为这种安排导致事务所存在兼营问题，它要求事务所在内部核算上必须分清相应的应税收入，才能进行正确的税务处理。如果税务师事务所属于小规模纳税人，则需要将不同税种的收入分别核算，各自确定其计税依据和应纳税额。三是有悖于减轻试点服务业税负改革初衷。因为事务所如果不分别核算收入的话，税务机关可能会要求从高适用现行营业税5%的税率，不利于中小规模税务师事务所的发展和壮大。因此建议，国家应该统一出台政策对包括“代理记账”等在内的涉税服务统一征收增值税，这样更有利于税务师事务所集中精力开展核心业务，从而实现行业快速发展。
难题二：事务所异地执业抵税政策不够明确
《财政部、国家税务总局关于印发营业税改征增值税试点方案的通知》（财税［2011］110号）明确了改革试点期间的过渡性政策安排，其对于跨地区税种协调是这样规定的：试点纳税人以机构所在地作为增值税纳税地点，其在异地缴纳的营业税，允许在计算缴纳增值税时
抵减；非试点纳税人在试点地区从事经营活动的，继续按照现行营业税有关规定申报缴纳营业税。
应该说，上述政策只是从整体上明确了试点地区事务所和非试点地区事务所异地执业时的税种协调问题，至于具体如何协调安排，政策规定并不明确。比如，试点地区税务师事务所在非试点地区从事执业活动时，对于其在异地缴纳的营业税在计算缴纳增值税时到底该如何抵减？对纳税人从事混业经营的，在适用税种、适用税率、起征点标准、计税方法、进项税额抵扣等方面该如何处理？这些都还没有明确的政策依据。但愿有关部门在下一步试点中尽快出台细化规定予以明确和完善。
难题三：涉税协作服务项目可能重复纳税
我国现行营业税法不支持税务咨询总分包服务实行营业税“差额纳税”的特殊政策，这造成了税务师事务所协作项目可能重复纳税。即总承包人需按与客户签订的合同金额纳税，而协作单位也要依据分包协议金额申报纳税。从发展的眼光看，随着税务师行业自身服务不断专业化的要求，一家税务师事务所和其他税务师事务所、会计师事务所、律师事务所、资产评估事务所等专业服务机构，联手为客户提供服务的情形越来越常见，如果继续沿用传统的营业税体制，在一定程度上会影响和制约行业的发展。
但是，上海市已经比其他地区早一步解决了这一问题。《上海市地方税务局关于印发本市营业税差额征税管理办法》的通知（沪地税货［2010］28号）第39条规定，对七类具有鉴证职能事务所之间开展协作项目实行营业税差额征税，即对上海市有鉴证职能的会计、税务、资产评估、律师、房地产土地估价、工程造价、专利代理等七类具有鉴证职能事务所（公司）之间开展协作项目，视同代理业务，可按取得的全部收入扣除支付给协作方相关费用后的余额为计税营业额。因此，上海试点“营改增”后，按照相关政策规定，上海的税务师事务所如果存在总分包服务，可按取得的全部收入扣除支付给协作方相关费用后的余额作为销售额计算缴纳增值税。
难题四：事务所可抵扣进项少导致税负偏高
一般来说，对于原适用5%营业税税率的咨询鉴证服务企业，试点后适用增值税税率为6%.按照试点方案，事务所鉴证类和咨询类业务的应税收入将按照6%的税率计征增值税。从理论上讲，实行增值税后，由于事务所在采购环节负担的增值税可以抵扣，事务所总体税负应该有可能获得一定程度的降低。但是，实际上税务师事务所由于可抵扣进项很少，可能导致一定程度上的税负偏高。
税务师事务所为“人合组织”，主要成本构成中固定资产成本和人工费用成本较高，如工资、薪金、房屋租金、业务信息费、交通食宿等。而这些成本并不能获得增值税发票，因而不能产生进项税，导致可抵扣的进项税额很少，事务所最终税负可能比以前更高。
笔者以为，“营改增”的本意是要减轻相关服务行业的税负水平，但如果税改增加了税负，则与立法本意相悖。注册税务师行业属智力密集型行业，按照营业税改增值税试点实施
办法的有关规定，增值税可予抵扣进项税项目在本行业具有比例低、金额小的特点，与其他行业并列实施似有不妥。
笔者建议注税行业协会组织，应该根据本行业的特点和实际情况，提出可行性操作方案，以税务师事务所实际测算结果为依据，汇总后上报有关部门，反映行业诉求，争取扩大可抵扣范围的优惠政策。
