一、关于合理工资薪金问题
《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；
（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
国税函[2009]3号文件对各地税务机关如何认定企业工资、薪金的合理性，给出了五项指导性原则，具体操作由各地税务机关根据当地的社会与经济发展水平和不同企业的情况区别把握、合理裁量，并且要考虑当地同行业职工平均工资水平。此举与以前年度全国统一扣除标准相比，增加了基层税务干部的执法难度.
国税函[2009]3号文件第一条特别强调，作为企业税前扣除项目的工资、薪金支出，应该是企业已经实际支付给其职工的那部分工资、薪金支出，尚未支付的所谓应付工资、薪金支出，不能在其未支付的这个纳税年度内扣除，只有等到实际发生后，才准予税前扣除。
举例来说，某公司在2009年2月份支付了拖欠的所属期为2008年11月的职工工资100万元。虽然现在恰逢2008年企业所得税的汇算清缴期，但这100万元的工薪支出也不可以在该企业2008年度的企业所得税前扣除。另外，税前扣除的工资、薪金是指发放给本企业任职或者受雇员工的工资、薪金。也就是说，只有为企业提供特定劳务，能为企业带来经济利益流入的员工，才能作为企业工资、薪金的支付对象，企业因此而发生的支出，就符合生产经营活动常规，是企业取得收入的必要与正常的支出。
二、关于工资薪金总额问题
《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
第二条说明，会计上核算的应付职工薪酬和企业所得税法规定的工资、薪金支出是不一致的，应付职工薪酬的范围往往大于工资、薪金支出。因此，企业千万不能把会计核算的应付职工薪酬数直接当作是税前应扣除的工资、薪金支出。企业在计算所得税工资、薪金总额时应注意：1、实际工资、薪金总额是计算税法规定的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及其他相关指标税前扣除限额的基本依据。企业应当通过“应付工资”或者“应付职工薪酬——工资”科目对工资、薪金总额进行单独核算；2、不合理的工资、薪金即使实际发放也不得扣除，如国有性质的企业超过政府有关部门给予的限定数额部分的工资、薪金，是不得扣除的；3、超标的工资、薪金本身不得包括在所得税税前扣除的“工资、薪金总额”之中，因此也不能将其作为计算职工福利费、职工教育经费、工会经费等税前扣除限额的依据。
